Многие из первых случаев заболевания COVID-19 были связаны с рыбным рынком в Ухане, но новый анализ ранних последовательностей коронавируса может указывать на другое место в городе


Заявление о том, что китайская команда скрыла ранние последовательности вируса атипичной пневмонии, чтобы помешать поиску его происхождения, вызвало фурор



Мир с нетерпением ждет новых данных, которые помогли бы прояснить происхождение пандемии COVID-19, и исследование, в котором утверждается, что были обнаружены ранние последовательности SARS-CoV-2, намеренно скрытые от исследователей, скорее всего станет прологом для ожесточенных споров. В неотрецензированной статье (препринте) эволюционного биолога Джесси Блума (Jesse Bloom) из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона (Fred Hutchinson Cancer Research Center) утверждается, что группа китайских исследователей взяла образцы вирусов у самых ранних пациентов с COVID-19 в Ухане, поместила вирусные последовательности в широко используемой американской базе данных, а затем через несколько месяцев удалила генетическую информацию, чтобы «скрыть их существование».

По мнению некоторых ученых, эти заявления усиливают подозрения о том, что Китаю есть что скрывать о происхождении пандемии. Но критики препринта, опубликованного вчера на сайте bioRxiv, говорят, что исследовательская работа Блума – это пустая болтовня, потому что китайские ученые позже опубликовали информацию о вирусе в другой форме, а восстановленные последовательности мало что добавляют к тому, что известно о происхождении SARS-CoV-2.

По словам Блума обнаруженные последовательности подтверждают теории о том, что пандемия возникла не на рынке морепродуктов Хуанань в Ухане (Huanan Seafood Market), где первоначально был обнаружен SARS-CoV-2. Китайские чиновники здравоохранения 31 декабря 2019 года связали этот рынок со вспышкой «необъяснимой пневмонии» (unexplained pneumonia), но уже через месяц стало ясно, что многие из самых ранних случаев заболевания не связаны с определенным местом. В статье рассматриваются три мутации, обнаруженные в SARS-CoV-2, собранном у пациентов, связанных с рынком, которых нет в найденных последовательностях коронавируса или его ближайшего родственника, который исследователи из Уханьского института вирусологии (Wuhan Institute of Virology) обнаружили у летучих мышей в 2013 году.

Серьезное утверждение Блума о том, что китайские исследователи удалили данные, лишь подольет масла в огонь дебатов о том, перешел ли вирус к людям от неизвестного животного или каким-то образом просочился из лаборатории. Блум утверждает, что у него нет предубеждения к той или иной гипотезе происхождения SARS-CoV-2, и он согласен с тем, что выделенные им вирусные последовательности – это лишь маленький кусочек большой незаконченной головоломки. «Я не думаю, что это подтверждает гипотезу лабораторного происхождения или зооноза. Я думаю, что это дает дополнительные доказательства того, что этот вирус, вероятно, циркулировал в Ухане до декабря, и что, вероятно, у нас есть менее чем полная картина последовательностей ранних вирусов», заявил ученый.

Блум, изучающий эволюцию вирусов, начал свое исследование после противоречивого доклада о происхождении пандемии, опубликованного в марте совместной комиссией китайских и иностранных исследователей, организованной Всемирной организацией здравоохранения (World Health Organization). Блум помог организовать подписание широко обсуждаемого письма, подписанного 17 другими учеными, в котором критиковался доклад ВОЗ за то, что он считает «крайне маловероятным», что SARS-CoV-2 вышел из лаборатории. В письме, опубликованном 14 мая в журнале Science, авторы выступили за «беспристрастное научное обсуждение этого сложного, но важного вопроса».

Доклад ВОЗ в значительной степени опирался на последовательности SARS-CoV-2, найденные у пациентов, зараженных вирусом COVID-19, связанным с рынком, отмечает Блум. «Я просто просматривал и пытался повторить ряд анализов в совместном докладе ВОЗ и Китая», говорит Блум. Это привело его к исследованию, в котором были перечислены все последовательности SARS-CoV-2, представленные до 31 марта 2020 года в Архив образцов (Sequence Read Archive) – базу данных, контролируемую Национальным центром биотехнологической информации (National Center for Biotechnology Information), подразделением Национальных институтов здравоохранения США (U.S. National Institutes of Health). Но когда он проверил SRA для одного из перечисленных проектов, он не смог найти его последовательности.

Поискав информацию об этом проекте, он нашел другое исследование под руководством Мин Вана (Ming Wang) из больницы Ренмин Уханьского университета (Wuhan University’s Renmin Hospital), которое было опубликовано в виде препринта 6 марта на сайте medRxiv, а позже, 24 июня, опубликовано в журнале Small, который больше посвящен материалам и химии, чем вирусологии. В этой статье перечислены некоторые из самых ранних уханьских пациентов с COVID-19 и конкретные мутации в их вирусах, но не приведены полные данные о последовательностях. Дальнейшие поиски в Интернете привели Блума к выводу, что SRA сохраняет свою информацию в облачной платформе Google, и при поиске там были найдены файлы, содержащие некоторые из ранних данных, представленных группой Вана.

В статье, опубликованной в журнале Small, не упоминается о каких-либо исправлениях вирусных последовательностях, которые могли бы объяснить, почему они были удалены из SRA, что привело Блума к выводу, что «уважаемые научные структуры злоупотребляли доверием, чтобы скрыть последовательности, имеющие отношение к раннему распространению SARS-CoV-2 в Ухане».  Блум утверждает, что поскольку в удаленных последовательностях отсутствуют три мутации, наблюдаемые в SARS-CoV-2 с рынка морепродуктов, вирусы, найденные командой Вана, скорее всего, представляют собой прародителя вируса.

Но последовательность вируса летучей мыши, найденного в 2013 году, отличается от SARS-CoV-2 примерно на 1100 нуклеотидов, что означает, что должны были пройти десятилетия, прежде чем он превратился в пандемический коронавирус – и другие виды вполне могли быть инфицированы вирусом летучей мыши, прежде чем он окончательно перешел к людям. Такая большая разница в последовательностях, говорит эволюционный биолог Эндрю Рамбо (Andrew Rambaut) из Эдинбургского университета (University of Edinburgh), означает, что исследователи не могут использовать несколько мутаций, подобных тем, которые выделил Блум, чтобы заглянуть в прошлое и увидеть «корни» родословного древа SARS-CoV-2.

Блум говорит, что он связался с китайскими исследователями, чтобы спросить, почему они удалили данные SRA, но они не ответили (журнал Science также не получил ответа после обращения по электронной почте). Сегодня NIH опубликовала заявление, в котором говорится, что последовательности были удалены по просьбе исследователя, представившего данные, который, по словам агентства, обладает правами на эти данные. Ученый «указал, что информация о последовательностях была перенесена в другую базу, и он хотел удалить данные из SRA, чтобы избежать проблем с контролем версий», заявили в NIH.  (Блум говорит, что не может найти эти последовательности ни в одной другой известной ему базе данных по вирусологии).

Исследователи резко разошлись во мнениях относительно ценности исследования Блума данных SRA. «Это творческий и строгий подход к изучению происхождения SARS-CoV-2. В работче есть два основных вывода: вирус циркулировал до вспышки, связанной с рыбным рынком в Ухане, и, возможно, имело место активное подавление эпидемиологических данных и данных о последовательности, необходимых для отслеживания его происхождения», утверждает Ян Липкин (Ian Lipkin), микробиолог из Школы общественного здравоохранения Мейлмана при Колумбийском университете (Columbia University’s Mailman School of Public Health).

Если не принимать во внимание значение найденных Блумом последовательностей, то демонстрация того, что исследователи могут потенциально найти «новые» данные в облаке, является открытием, добавляет Судхир Кумар (Sudhir Kumar), который занимается исследованиями в области геномики в Университете Темпл (Temple University) и опубликовал свой собственный анализ ранних последовательностей SARS-CoV-2: «Многие люди считают, что существует гораздо больше китайских данных, а у нас нет к ним доступа», заявлет он.

Однако, другие исследователи не в восторге. «Джесси проверяет информацию, которая была в сети более года назад, и утверждает, что она доказывает сокрытие. Лично я не понимаю (его рассуждений).  Статья в журнале Small – это просто хорошее исследование, которое, «к сожалению, прошло мимо общественного внимания», говорит Стивен Голдштейн (Stephen Goldstein), эволюционный вирусолог из Университета Юты (University of Utah).

Эндрю Рамбо отмечает, что китайские исследователи представили свою работу журналу Small до того, как попросили SRA удалить данные. «Идея о том, что группа пыталась что-то скрыть, просто смехотворна. Если бы они что-то скрывали, они бы точно не представили эту работу. Мне не нравятся инсинуации о злоупотреблениях, когда (Блум) ничего не знает о причинах, побудивших авторов статьи удалить свои данные», заявил Рамбо.

Член комиссии ВОЗ по происхождению короновируса, Марион Коопманс (Marion Koopmans) из Медицинского центра Университета Эразма Роттердамского (Erasmus University Medical Center), отмечает, что в докладе подчеркивается необходимость поиска дополнительных данных о самых ранних вирусах в циркуляции. «Хорошо бы увидеть дополнительные данные, но я не уверена, какой в этом смысл», говорит Коопманс, добавляя, что обвинения, содержащиеся в препринте, могут повредить будущему сотрудничеству в области изучения происхождения с китайскими исследователями. «Тон вступления, на мой взгляд, довольно наводящий на размышления, и я бы хотел, чтобы наука держалась от этого подальше», добавляет она.

Блум признает, что исследователи могут собрать воедино последовательности коронавирусов на основе данных, найденных в статье журнала Small, но он говорит, что это не тот способ, которым большинство специалистов проводят эволюционный анализ SARS-CoV-2. «Никто не знал об этих последовательностях, потому что единственный способ, которым люди находят последовательности –  это обращение к соответствующим базам данных, загрузка последовательностей и их изучение», утверждает Блум. 

Он признает, что вступление в дискуссию о происхождении SARS-CoV-2 сопряжено с определенными трудностями. «У стольких людей есть свои планы и предвзятые мнения на эту тему, что если вы откроете рот на эту тему, кто-то воспримет ваши слова как поддержку или опровержение какого-то конкретного утверждения. Поэтому выбор состоит в том, чтобы либо вообще ничего не говорить, что я не считаю полезным или продуктивным, либо просто попытаться сделать выводы, которые вы можете сделать, и сделать это как можно более прозрачно. Независимо от того, насколько людям нравится (мое новое исследование) или не нравится, согласны они с интерпретацией или не согласны с ней, они, по крайней мере, могут скачать его и проверить все самостоятельно», говорит Блум.

Перевод статьи Claim that Chinese team hid early SARS-CoV-2 sequences to stymie origin hunt sparks furor

24.06.2021

 Alexander (c) Stikhin